לשכת שר המשפטים, אבי ניסנקורן, פנתה לראש אכ״א אלוף מוטי אלמוז, בבקשה לבדוק את התנהלות גלי צה״ל וראש מחלקת החדשות שלה אמיר איבגי בנושא העברת התגובה על חקירת ניסנקורן לעיתונאי אראל סג״ל. במכתב שנשלח תחת הכותרת ״התנהלותו של ראש מחלקת החדשות של גלי צה״ל אמיר איבגי״ והגיע לידיו של הכתב רז שכניק,  מתוארת השתלשלות האירועים:

״ביום שישי ב-14:54 צייץ סג"ל את פרטי השאילתות והתגובות שהועברו לגלי צה"ל בעניינו של השר ניסנקורן, מבלי שהוא מזכיר בציוץ את גלי צה"ל או את איבגי, וכן על אף שבפלטפורמות של התחנה לא דווח דבר בנושא. סג"ל אף צירף לציוצו צילום מסך של התגובה לשאילתה, כפי שנשלחה לווטסאפ האישי של איבגי. תוך זמן קצר, פורסם הציוץ האמור של סג"ל בחשבון הטוויטר של מפלגת הליכוד. מהמתואר לעיל עולה, כי בעוד שהשאילתות בעניינו של השר ניסנקורן הוגשו מטעם ׳מערכת גלי צה"ל׳, התגובות שנשלחו בגינן הועברו ושימשו גורם אחר אשר אינו נמנה עם אנשי התחנה"
. 
"השתלשלות האירועים בענייננו מעלה חשש כי במקרה דנן נעשה שימוש במותג גלי צה"ל, במשאבי התחנה ובחייליה, לטובת בירור פרטים ופרסומם בידי גורם אחר, אשר אינו קשור לגלי צה"ל. מאחר שמדובר לכאורה בהתנהלות החורגת מנורמות בסיסיות של אתיקה עיתונאית, נדרש כי גורם מוסמך יבדוק את המקרה".

״יצוין כי לח"מ היכרות מקצועית קודמת עם איבגי שמעולם לא העלתה חשש להתנהלות לא אתית מצדו. אולם במקרה הנדון, וחרף מספר פניות לאיבגי מצד לשכת השר, לא נמסר הסבר לאירוע המטריד ועל כן מבוקשת בזאת התערבותך. לצערנו, פניותינו למפקד גלי צה"ל, שמעון אלקבץ, לא זכו עד כה לתגובה עניינית״

התגובות ברשת למכתב ששוגר מלשכת השר, ומהווה לכאורה, ניסיון להתערב בחופש הפעולה של התחנה, סוערות בעיקר מהצד הימני של המפה הפוליטית. אראל סגל הגיב בציניות וכתב: "למה ניסנקורן מסתפק בפנייה לאלוף בצה״ל? שייפנה ישר לראש מפלגתו, שר הבטחון, בני גנץ".

ח"כ איילת שקד כתבה: "במקרה הזה לא יהיו זעקות  שבר על מות הדמוקרטיה. אבירי חופש הביטוי זועקים, רק כשזה משרת אותם. אמיר איבגי אל תירא ואל תחת".

ח"כ בצלאל סמוטריץ' כתב: "אשכרה שר המשפטים, "אביר הדמוקרטיה וחופש הביטוי", "שומר החומות" של הדמוקרטיה, דורש לחקור עיתונאי שקצת הביך אותו ולסתום לו את הפה... האירוניה מעולם לא התאבדה מקפיצה מבניין גבוה יותר...".

ח"כ אסנת מארק כתבה: "ניסנקורן חושב בטעות שהוא עדיין בהסתדרות ושמנגנוני ההשתקה וההפחדה הבולשביקים יפנו לו את המוקשים. תתעורר אדוני שר המשפטים, אתה בדמוקרטיה! ימי ההסתדרות נגמרו! אי אפשר להתפאר בהגנה על שומרי הסף ביד אחת וביד השנייה להלך איימים על עיתונאים. מחכה במתח להודעת הגינוי של מועצת העיתונות".

חגי סגל, עורך מקרו ראשון, כתב: "במילים אחרות: מחזיק תיק הדמוקרטיה בממשלה מבקש מצה״ל לפעול נגד עיתונאי שהכעיס אותו". קרולינה גליק כתבה: "די עם הבכי בימין. למה ציפינו? הקמנו התאגיד במקום לסגור אותו. ממשיכים לממן את גל"צ ולריב על פירורים במקום לסגור. מסרנו המושכות במועצת הטלוויזיה לשמאלנים ועוד נזעקים כשדופקים אותנו בכל מקום. שלא לדבר על לפ"ם שמפרנס אותם ומייבש את ערוץ 20. רוצים לשנות? אז שנפסיק להיות פריירים".
 

די עם הבכי בימין. למה ציפינו? הקמנו התאגיד במקום לסגור אותו. ממשיכים לממן את גל"צ ולריב על פירורים במקום לסגור. מסרנו המושכות במועצת הטלוויזיה לשמאלנים ועוד נזעקים כשדופקים אותנו בכל מקום. שלא לדבר על לפ"ם שמפרנס אותם ומייבש את ערוץ 20. רוצים לשנות? אז שנפסיק להיות פריירים. https://t.co/Eg5T5jArrk

— Caroline Glick (@CarolineGlick) August 24, 2020

אריאל כהנא כתב: "מסגירת ערוץ 7, דרך חוק ישראל היום, המשך בעליהום האלים והקבוע על עמית סגל ובועז ביסמוט, ועד מסע הציד אחרי אמיר אבגי כולל אינספור תחנות באמצע - השמאל המתהדר בערכים של דמוקרטיה וחופש ביטוי, היה ונשאר סותם הפיות הגדול בשיח הישראלי. פחד".

מבחינת שי ניב, הפנייה לראש אכ"א מהווה הוכחה נוספת לכך שהתחנה הצבאית מיותרת: "פנייה לראש אכ"א? אולי הדוגמה המוחשית ביותר למה אין מקום לתחנת רדיו צבאית, או לכל הפחות תחנת רדיו צבאית שמתיימרת לשדר חדשות ואקטואליה. די, מספיק, זה לא עובד. אמנם מדובר בחברת כח אדם לאספקת ידיים מקצועיות מיומנות וזולות לתעשיית התקשורת והטלוויזיה בעיקר - אבל בעצם זו עוד סיבה לסגור."

דוד ורטהיים מגלובס כתב: "אחת ה״פרשות״ המטופשות ששמעתי. גם אם זה נכון (ואין לי מושג), וגם אם הידיעה התבררה כפייק מוחלט (כנראה), עדיין מדהים ששר משפטים מנצל את כוחו כדי להתערב בתוכן או בעיתונאים של גוף חדשותי. בטח תחת הטיעון ש״איבגי עשה שימוש בחומרים תוך פגיעה במותג גלי צה״ל״. מביך. וכן, גילוי נאות בלה בלה".