שר הביטחון אביגדור ליברמן החליט לחזור בו מהחלטתו הראשונית להכפיף את גל"צ למשרדו, והיא תישאר תחת אחריות הצבא. החלטה זו התקבלה לאחר התייעצות שקיימו הבוקר (יום א') ליברמן ומנכ"ל משרדו אלוף (מיל') אודי אדם, עם היועץ המשפטי לממשלה, אביחי מנדלבליט. 

"בהתייעצות נדונו האפשרויות השונות בנוגע למיקומה של גלי צה"ל במערכת הביטחון וההשלכות והקשיים שיוצרת הכוונה להעביר את התחנה מצה"ל למשרד הביטחון, בהקשר של אי-תלותה ועצמאותה של התחנה כגוף שידור ציבורי, הפרוצדורה המורכבת שבקליטת התחנה במשרד הביטחון והצורך להסדיר את המהלך בחקיקה ראשית", נמסר ממשרד הביטחון. 

רק לפני שבועיים החליט ליברמן להכפיף את גל"צ למשרד הביטחון, לראשונה מאז הוקמה לפני יותר מ-60 שנה, והייתה באחריות צה"ל. החלטה זו התקבלה לאחר שהתקבלה עבודת מטה של מנכ"ל משרד הביטחון אודי אדם, על הפיכת תחנת הרדיו גלי צה"ל מיחידה צבאית ליחידת סמך במשרד הביטחון. גם אי-שביעות רצונו של הרמטכ"ל גדי איזנקוט מכך שהתחנה נמצאת באחריות הצבא, תרמה לאותה החלטה מלפני שבועיים.

בעקבות כך עלו תהיות לגבי היכולת של התחנה להתנהל בחופשיות תחת משרד הביטחון, אולם בהודעת משרד הביטחון מלפני שבועיים נמסר כי "החלטה זו עומדת בהתאם לחוות דעת של היועץ המשפטי לממשלה וכפופה לכך שיגובשו מנגנוני בקרה וההסדרים המתאימים, אשר יבטיחו את עצמאותה ואת אי תלותה המקצועית, התוכנית, והארגונית של התחנה", נמסר ממשרד הביטחון".

היום נמסר ממשרד הביטחון כי "לאור הקשיים הללו ומתוך הרצון לשמור על צביונה המיוחד של גלי צה"ל, החליט שר הביטחון כי התחנה תישאר במקומה הנוכחי בצה"ל".