ועדת הבדיקה הממשלתית שתבחן גם התנהלותה של נציבת בתי הסוהר, רב גונדר קטי פרי מתקרבת בצעדי ענק, אבל פרי טוענת בפני מקורביה כי אין בכוונתה להחזיר את המפתחות ולהודיע על התפטרותה, כאשר במקביל היא ביצעה צעד חריף.

על פי הפרסום בכאן 11, בשיחות סגורות אומרת פרי לסובביה כי: "אני הולכת לוועדה עם ביטחון גדול ואני לא צריכה להיות שעירה לעזאזל על עשורים של הזנחה, זה לא הגיוני ולא הוגן ולא מנהיגותי ופיקודי להתפטר. אני לא מתעסקת ברעשי רקע אני חזקה ואמשיך בדרכי, ראיתי את הפרסומים. זה לא עושה טוב לאף אחד, מחלתי על כבודי. מאז נכנסתי לתפקיד מיניתי קרוב ל-100 קצינות וקצינים לא הייתה פניה פוליטית אחת. מאחורי הפרסומים עומדת חבורה שיצאה מהארגון ממורמרת כי לא קיבלה מה שרצתה. כל הסגל הנוכחי עומד עכשיו מאחורי".

אחרי הבריחה החליטה הנציבה לנייד את כל אסירי הג'יאהד האיסלאמי בין בתי כלא, מה שהביא למהומות. בשב"כ התנגדו להחלטה. "ההחלטות הן של ראש הארגון שצריך לקבל אותן. אני קיבלתי את ההחלטה", היא אומרת, "הדברים נלקחו בחשבון, אבל אני לא במקום של כיפופי ידיים, אנחנו בשיתוף פעולה טוב עם הארגונים הבטחוניים האחרים, אני רואה בוועדה הזדמנות לפתוח את סוגיית האסירים הבטחוניים. השאלה אם הייתה אחריות מודיעינית גם לגופים אחרים היא חלק מהמנדט של ועדת הבדיקה". 

הצעד החריף של פרי: השעיית מפקד כלא גלבוע בעקבות בריחת האסירים
פרדי בן שטרית הושעה מתפקידו בעקבות בריחת ששת האסירים בתחילת החודש. במקביל, פרי בחנה גם את האפשרות להדיח את בן שטרית. פרי פנתה לייעוץ המשפטי של שב"ס ובדקה אם ניתן להשעות או להדיח את בן שטרית, ושם נאמר לה כי הדבר לא אפשרי. זאת מפני שהייעוץ אסר על שב"ס לערוך תחקיר בעניין בריחת האסירים בזמן שמתקיימת חקירת משטרה - ותחקיר כזה נדרש על מנת לערוך לבן שטרית שימוע. על פי פקודת שב"ס, השעיה של קצין בכיר מחייבת את אישור השר לביטחון הפנים. 

בין היתר, פרי טענה כי עד בריחת האסירים לא ידעה כלל על קיומם של החללים שלא נאטמו מתחת לאגפים בכלא גלבוע - דבר שהיה ידוע לאגף הביטחון ולמנהלי הכלא. מאז הבריחה החל צוות מיחידת יהל"ם (יחידה הנדסית למשימות מיוחדות) של צה"ל עם אנשי שב"ס בבדיקת כלל בתי הסוהר, וגילה חללים דומים בבתי סוהר אחרים. לא ברור אם חללים אלו נגרמו בידי בני אדם או שמא היו במקום לפני בניית בתי הסוהר.