במכתב ששלחה האגודה לזכויות האזרח ליועץ המשפטי לממשלה נכתב כי אם השב"כ או גורם ממשלתי אחר עומד מאחורי הפריצה לטלפונים מדובר בחציית קו אדום, ובצעד לא חוקי ופסול.

וכמו כן, דרשה האגודה על הפסקת השימוש בתכנית פגסוס נגד מגיני זכויות האדם. "מעקב אחר פעילי זכויות אדם הוא חמור במיוחד, ופוגע בשורה של זכויות אדם בסיסיות, ובהן חופש ההתאגדות וחופש הביטוי".

עוה"ד גיל גן-מור ורוני פלי מהאגודה לזכויות האזרח כתבו ליועץ המשפטי לממשלה כי גם כוחם של גופי הביטחון הפועלים בשטחים הכבושים הוא מוגבל על ידי הדין הבינלאומי ואמנות זכויות אדם.

 תוכנת פגסוס פוגעת פגיעה קשה בזכויות בסיסיות והיא אינה עומדת במבחן המידתיות, שכן היא מאפשרת איסוף מידע רחב יתר על המידה ופלישה קיצונית לפרטיות, לא רק של האדם שנמצא תחת מעקב אלא של רבים אחרים שעומדים איתו בקשר. עוצמת הפולשנות של פגסוס גורמת אפילו להאזנות סתר להחוויר לעומתה, נכתב.

לדברי עוה"ד גיל גן-מור ורוני פלי: "בשנה האחרונה מתרבות העדויות על שימוש בתוכנת הריגול פגסוס נגד פעילי זכויות אדם, מתנגדי משטר ועיתונאים, והחשד שישראל הצטרפה למדינות שרודפות פעילי זכויות אדם באמצעי ריגול מפוקפקים צריך להדיר שינה מכל מי שזכויות הפרט חשובות לו. קשה שלא לחשוד שהעובדה שארגוני זכויות אדם פלסטיניים פועלים בזירה הבינלאומית לחשיפת הפרות זכויות אדם של ישראל ונגד המשך הכיבוש הישראלי, הוא זה שמוביל לכל הצעדים הקיצוניים שננקטים נגד ארגונים אלו, ואם אכן ניתן היתר לעשות שימוש בתוכנת פגסוס אז הדבר דורש בדק בית רציני. נראה ששיקולים זרים שיבשו לחלוטין את שיקול הדעת במקרה זה. אנו מצפים מהיועץ המשפטי מנדלבליט לסמן קו אדום בוהק".